Вы получаете вычет со стоимости покупки + 13% от суммы процентов по ипотеке. Способ исполнения кредитных обязательств значения не имеет.

Это не новость, что в приёмных налоговой не дают толковых ответов, а вопрос не такой уж сложный. Очень жаль, что повсеместная не компетенция стала обзором жизни.
Уважаемый автор, немного запутались в информационном пространстве, попробую избавить Вас от той информации, которая к Вашему случаю не имеет никакого отношения.
И так, если имущество приобретено полностью за счет материнского капитала, то воспользоваться налоговым вычетом налогоплательщик не сможет. Если покупка имущества будет производиться частично за счет средств материнского капитала, вычет возможен, однако его размер будет уменьшен на сумму материнского капитала, НО у Вас НЕ ТОТ случай. Досрочно частичное погашение кредита средствами материнского капитала И покупка за счёт средств материнского капитала - это абсолютно разные вещи. Спокойно делайте погашение кредита маткапом и никуда ходить не нужно, оправдываться и бояться тоже. Продолжайте получать остаток имущественного вычета при приобретении, более того, когда купите ещё одну квартиру, то сможете добрать остаток из расчёта 1 140 000 р., ибо этот вид вычета предусматривает на двоих с супругом с четырёх миллионов.
Также, имеете возможность заявить вычет по уплаченным процентам с ипотечного кредита (максимум с 3 000 0000 - 390 000 рублей). Имейте в виду, что по вычету по процентам ДОБРАТЬ разницу путём заявления ещё одной квартиры (кредита) не получится. Если погашенные проценты не существенные и планируете брать новый, более затратный кредит, тогда есть смысл этот вид вычета приберечь для другого раза. С уважением, Арман!