Добрый день. Правило минимального предельного срока владения на магазин распространяется. При продаже до истечения этого срока доход попадает под налогообложение.
13% от цены в договоре за вычетом 250 т.р. или документально подтверждённых затрат на строительство. Если цена в договоре будет меньше 70% от кадастровой стоимости, то вместо цены договора налоговая будет учитывать 70% от кадастра.

Я тоже не вижу здесь предпринимательскую деятельность, даже при наличии ИП, если оно никак не пересекается со сдачей помещения в аренду, за которую собственник платит НДФЛ, как физ. лицо или за него платит арендатор в качестве налогового агента.
Предпринимательская деятельность может заключаться не только в использовании гражданином результатов труда, но и в использовании принадлежащего ему имущества для целей осуществления предпринимательской деятельности.
В ТО ЖЕ ВРЕМЯ владение, пользование, а также распоряжение имуществом не рассматривается само по себе в качестве признака предпринимательской деятельности, а рассматривается как осуществление правомочий собственника. Сдача никак не связана с предпринимательской деятельностью и я считаю, что нормы и положения п.17.1. ст.217 НК РФ для физических лиц резидентов РФ никто не отменял, если рассматривать законопослушного налогоплательщика в рамках осуществления своих правомочий, как собственника. Естественно, кроме случаев, когда предпринимательская деятельность без образования юридического лица прикрывается под ширмой физика и так далее, есть судебные прецеденты с такими ловкачами, где их выводили на чистую воду и заставляли оплачивать 13% со всей суммы с продажи без права на льготу по расходам или минимальному сроку владения в рамках имущественных вычетов.

Добрый день!

Вам нужно будет заплатить 13% со стоимости продажи, либо от 70% от кадастровой стоимости, если она окажется больше.

Магазин - это нежилое помещение. В предпринимательской деятельности использовалось. То, что вы не были зарегистрированы, как ИП - неважно. Согласно ст. 2 ГК РФ "Предпринимательской является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг". Дохода от аренды, получаемого в течение полугода достаточно, чтобы считать помещение используемым в предпринимательской деятельности. А это значит, что при продаже этого помещения вы не сможете применить ни вычеты (в т.ч. расходы на приобретение), ни минимальный предельный срок владения - 5 лет (см. (п. 17.1 ст. 217 НК РФ)